On habite à Niedernai depuis cinq mille ans avant Jésus-Christ. C’est le résultat de fouilles qui ont commencé vers 1860 mais dont les plus importantes datent de la fin du XX° siècle.
 
Les fosses néolithiques viennent du rubané en passant par le Grossgartach, le Roessen(-5000), pour arriver au Michelsberg et Munzingen (-4000). Ce sont des fonds de cabanes ou de silos à grains

Si une dame noble fait don d’un domaine à Niedernai aux bénédictins de Moyenmoutier (Vosges) en 706, on ignore la date exacte de la construction du prieuré appelé Feldkirch et dédié à St Maximin. Les Landsberg en deviennent les protecteurs et s’installent à Niedernai.

L’histoire de la commune va être liée à celle de ses seigneurs. Ils font don de leurs propriétés à Niedernai et Meistratzheim à l’évêque de Strasbourg qui les leur redonne sous forme de fief. Les Landsberg vont construire un château puis fortifier la petite ville (le Stadel) et même le faubourg. L’eau de l’Ehn sert à inonder les fossés qui entourent ces trois entités. A partir de 1424, on parle d’une ville qui a des remparts et un marché hebdomadaire.

Les guerres n’épargnent guère la petite ville :

En 1439, le village est occupé par les Armagnacs durant la Guerre de Cent Ans, les strasbourgeois incendient le faubourg.

En 1525, Feldkirch est ravagé par la « bande Truttenhausen » et les habitants sont rançonnés lors de la guerre des paysans.

En 1572, les Landsberg adoptent la nouvelle religion. Ils seront protestants jusqu’en 1741.

En 1587-93, la ville est occupée lors de la guerre des évêques.

En 1642-1645, la guerre de trente ans apporte son lot de désolation et de dévastations : la sinistre trilogie règne : peste, famine et guerre. En plus de nombreux procès de sorcellerie ont eu lieu durant cette période.
Les juifs commencent à s’installer dans la ville. Le rabbin de Niedernai sera même le représentant des juifs vivants sur les territoires de la Noblesse de Basse-Alsace. En 1777, on y élabore le Protocole de la Nation Juive d’Alsace.

En 1785, la foudre détruit Feldkirch, les paroissiens utilisent pour église l’ancienne chapelle castrale des Landsberg (c’est l’actuelle école primaire Ste Barbe).

En 1789, la tourmente révolutionnaire s’installe dans la commune. Le domaine des Landsberg, n’ayant plus d’héritier mâle, va passer par mariage aux Barons de Reinach-Werth. Ceux-ci vont fortement imprégner à leur tour la vie dans la commune, trois Reinach seront maires, sans interruption, de 1812 à 1869. Ce sont aussi des hommes politiques (sénateurs, préfets, conseillers généraux) ou militaires.
Mais les conditions de vie, les famines, le déclin industriel va provoquer une baisse de la population très importante. On s’installe en ville près des lieux de travail.

En 1893, la nouvelle église St Maximin sera consacrée.

En 1899, le château va encore changer de main : Maïa épouse Joseph Le Pays du Teilleul.
Déjà avant 1914 la première auto arrive dans le village.
L’arrivée des français va être dignement fêtée à Niedernai en 1918. De nouvelles cloches vont être fondues pour l’église en 1923.

En 1925, l’électricité va beaucoup modifier la vie des familles.
La deuxième guerre mondiale provoque entre autre la disparition complète de la communauté juive.

En 1952, l’école maternelle va être créée.

En 1955, l’eau courante arrive également dans les maisons, pour l’assainissement, il faudra attendre la période 1965-1976.
Le remembrement permet la réorganisation des entreprises agricoles, mais provoquera des changements radicaux, surtout en ce qui concerne le nombre des exploitants.

En 1998, commence le jumelage avec le village allemand de Nordrach en Forêt Noire.